Jordbruket står för cirka 16 procent av växthusgasutsläppen i Sverige. Utsläppen från jordbruket kommer främst från växtodling och djurhållning där en stor del kommer från biologiska processer, såsom lustgas från marken och metan från djur.

Bekämpning av ogräs och skadegörare med olika metoder är centralt inom växtodlingen. Det finns mål både för att minska riskerna med användningen av växtskyddsmedel och för att minska beroendet av kemiska växt­skyddsmedel, i Sverige såväl som inom EU.

Jordbrukets läckage av näringsämnen är en av flera orsaker till övergödningen som varje sommar visar sig i Östersjön i form av algblomning. Totalt får Östersjön varje år ta emot mer än 30 000 ton fosfor och över en miljon ton kväve med floder och direktutsläpp. Utöver det sker nedfall med nederbörd.