En vanligt förekommande uppgift i beskrivningar av våtmarker är det genomsnittliga vattendjupet. Detta är av intresse när man t.ex. vill beräkna vattnets teoretiska uppehållstid i samband med kväverening eller när man behöver veta vilken volym som finns tillgänglig för bevattning. Däremot säger denna uppgift inget om vattnets biologi. Det räcker med en enda djuphåla i ett för övrigt flackt vatten för att stora mängder fisk skall överleva. Vattendjupet har också betydelse för temperaturväxlingen. Djupa vatten ändrar temperatur långsammare än grunda. Det betyder att ju djupare vattnet är, desto senare startar den biologiska utvecklingen på våren. På hösten är djupa vatten isfria längre.Vattendjupet påverkar främst de stora vattenväxterna. Den viktigaste gränsen
Kaveldun växer på öarnas slänter ned till 50 cm djup. På dammbottnen av denna torrlagda damm syns resterna av vissnande svalting som tål lite djupare vatten, Östergötland.
går vid 50 cm, där kaveldunen inte kan växa längre. Vid drygt två meters djup utgår även vass och jättegröe. Till detta djup kan också många flytbladväxter överleva men de påverkas mer av andra faktorer, t.ex. ändringar av vattennivå och vågskvalp. Undervattenväxterna, slutligen, påverkas mer av siktdjupet än djupförhållandena.I våtmarker avsedda för fåglar bör vattendjupet inte överstiga 50 cm på merparten av arealen. Då kan änderna hämta föda från bottnen.