För att ytterligare minska den oönskade denitrifikationen är det viktigt att anpassa kvävenivån efter grödans upptag och därmed minimera mängden restkväve. Detta minskar dessutom även risken för utlakning. Ett sätt att göra detta är att med fånggröda hålla marken bevuxen en större del av året.
Eftersom denitrifikationen sker vid syrefria förhållanden är det också viktigt att försöka motverka syrefria förhållanden i den mån det är möjligt. En väl fungerande dränering och dikning är viktigt liksom att i största möjliga mån undvika skadlig markpackning. Att öka vattenförbrukningen under hösten genom en bra gröda kan också hjälpa till att minska denitrifikationen (Steineck et al 2000).
Vid biogasbehandling av gödseln minskar mängden lättnedbrytbart kol och detta minskar risken för nitratförlust genom denitrifikation (Petersen red 1996).
