Den största delen av nedbrytningen av protein sker i tunntarmen, men nedbrytningen börjar redan i magen då enzymet pepsin börjar verka. Pepsin verkar vid låg pH och arbetar därför ca 1-2 timmar efter att enzymet först kommit i kontakt med fodret. Därefter bli pH för högt och dess inverkan upphör. Flera olika enzymer är inblandade i nedbrytningen av protein. Ett av dem är trypsin. Proteinerna bryts ner till rena aminosyror och oligopeptider, som är
Mängden aminosyror i tarmen är högre än den mängd som intagits med födan. Detta beror på att det sker en sekretion av proteiner (t.ex. enzymer) i magtarm kanalen. En hel del celler från väggarna i magtarmkanalen stöts också av och detta bidrar till en höjd proteinmängd i tarmen. De avstötta cellerna och proteinet i sekretionerna har en hög tillgänglighet och tas upp och återvinns snabbt. Med anledning av detta fås också olika smältbarhet beroende på var proteinhalterna mäts. Idag används begreppet fekal smältbarhet då proteins smältbarhet mäts. Detta innebär att man mäter skillnaden mellan mängden protein som tagits in med födan och mängden protein i gödsel. Det protein som bryts ner av mikrofloran i grovtarmen har grisen ingen nytta av. Således ger begreppet fekal smältbarhet en något skev bild. Allt väsentligt upptag har redan skett då näringsämnena passerat sista delen av tunntarmen, ileum .Med anledning av detta kommer begreppet ileal smältbarhet för att beräkna proteinets smältbarhet att användas i framtiden. Lantmännen använder denna beräkningsform redan idag vid fodersammansättningen. I tabellen nedan presenteras innehållet av tillgängligt kväve (ileal smältbarhet, dvs smältbarhet i tunntarmen) i ett antal foderråvaror.
| Råvara | Smältbart kväve i % av totalt kväveinnehåll |
| Majs | 78 |
| Havre | 76 |
| Korn | 79 |
| Rågvete | 81 |
| Vete | 81 |
| Sojabönmjöl utan skal | 90 |
| Sojabönmjöl med 44% protein | 89 |
| Kött och benmjöl | 80 |
| Fiskmjöl | 95 |
| Skummjölkspulver | 93 |
Värme påverkar proteinets tillgänglighet
Protein som överhettas får en betydligt sämre smältbarhet. Överhettning kan t ex ske då pelletering utförs på ett felaktigt sätt. Värmen förändrar strukturen i proteinet. Ju högre värme desto sämre blir smältbarheten. Överhettning kan leda till att specifika aminosyror komplexbinds och tillgängligheten försämras. T.ex. kan lysin bindas hårt till socker. Med anledning av detta är parametern tillgängligt lysin en bra måttstock på värmeskada (Wittemore, 1993).
Antinutritionella faktorer
Nästan alla vegetabiliska proteiner innehåller någon form av antinutritionella faktorer (ANF). ANF är ämnen som på ett eller annat sätt minskar tillgängligheten av andra näringsämnen eller på något annat sätt hämmar tillväxten hos djuret. ANF förekommer i olika skepnader och mängder beroende på vilken sorts proteinråvara som används och det finns även skiftningar inom samma sort. Till exempel innehåller spannmål och ärtor endast låga halter av ANF medan rå soja innehåller relativt höga halter av en ANF, som kallas proteasinhibitor. Proteasinhibitorer blockerar digestionsenzymet trypsin och minskar på så sätt proteins smältbarhet. Proteasinhibitorerna ökar också utsöndringen av andra enzym vilket leder till stor förlust av endogent protein, dvs enzymprotein och cellväggsprotein.
