Utformningen av ventilationssystemet är en faktor som påverkar ammoniakavgången inuti och från svinstall i hög grad. I Sverige är frånluftfläktar normalt placerade i tak eller i väggar. Om stallet är utrustat med gödselkulvertar under spaltgolvet, kan man uppnå en markant sänkning av stalluftens ammoniakkoncentration genom att suga ut luft från kulvertarna (Gustavsson, 1995). Denna typ av gödselgasventilation (lågevakuering) ökar dock luftrörelserna nere i kulverten, vilket kan öka ammoniakemissionen. I studier som jämfört lågevakuering med konventionell ventilation har lågevakuering medfört ökade totala emissioner vid högre ventilationsflöden (Gustavsson, 1995). Vid lägre flöden är ökningen i ammoniakemission måttlig.
Jämförelse av emissionernas storlek vid gödselgasventilation jämfört med evakuering av frånluften genom en väggplacerad fläkt i ett grisstall.(Gustavsson, JBT, SLU, Alnarp)

Luftintagens funktion och placering kan också påverka ammoniakavgången eftersom de påverkar luftrörelserna kring de ytor som är täckta med urin och träck. Vid placering av luftintag bör man därför eftersträva att de ska ge så låga lufthastigheter som möjligt kring dessa ytor.Ofrivillig lufttillförsel till stallarna genom utgödslingssystemet är tyvärr vanligt. Om kulvertarna inte är täta mot uteluften, kommer de att fungera som luftintag och luften kommer att dra upp föroreningar från gödseln. Det är också en mycket stor risk för att luft vandrar mellan olika djurkategorier via en gemensam gödselkulvert. Detta kan påverka djurhälsan negativt och på så sätt försämra foderutnyttjandet. Dessa ofrivilliga luftrörelser kan minskas genom täta luckor, gummidukar, vattenlås eller genom att utsugningsfläktar placeras i utgående kulvertar.